Το ανάκτορο της Κνωσού ήταν η καρδιά της πόλης της Κνωσού, με συνεχή παρουσία στα ιστορικά δρώμενα της Κρήτης από τη Νεολιθική Εποχή ως και την πρώιμη Βυζαντινή Εποχή. Ο πρώτος που έκανε ανασκαφές στην Κνωσό ήταν ο Κρητικός αρχαιολάτρης Μίνως Καλοκαιρινός το 1878, που έφερε στο φως πολλά πιθάρια και άλλα αντικείμενα.
Ωστόσο οι εργασίες σταμάτησαν σύντομα και αυτός που τις ολοκλήρωσε ήταν ο Άγγλος Arthur Evans. Οι εργασίες του Evans ξεκίνησαν το 1900 και ολοκληρώθηκαν το 1930, με το τέλος μερικών αναστηλώσεων. Ο Evans έχει δεχτεί σκληρή κριτική γιατί έκανε ευρείας κλίμακας αναστηλώσεις του ανακτόρου χρησιμοποιώντας τσιμέντο. Ωστόσο, μπορεί κάποιος να παραδεχτεί ότι η αντίληψη που έχει κάποιος για το ανάκτορο σήμερα δεν θα ήταν τόσο καλή, αν όλα τα κτίρια ήταν ισοπεδωμένα, όπως τα βρήκε ο Evans.
Τα παλαιότερα ίχνη κατοίκησης χρονολογούνται στη Νεολιθική Εποχή (7η-4η χιλιετηρίδα π.Χ). Αργότερα, το μέρος κατοικήθηκε ως το 1900π.Χ., όταν τα παλιά κτίρια γκρεμίστηκαν για να κτιστεί ένα μεγαλύτερο ανάκτορο. Το ανάκτορο αυτό καταλάμβανε έκταση 22 στρεμμάτων και φαίνεται να καταστράφηκε από σεισμό το 1700π.Χ. Στη θέση του παλιού ανακτόρου κτίστηκε το μεγαλοπρεπέστερο ανάκτορο όλων των εποχών. Το 1600π.Χ. σεισμός προκάλεσε ζημιές, οι οποίες αποκαταστάθηκαν γρήγορα με προσθήκες πολλών νέων κτιρίων. Αυτό είναι το κυρίως ανάκτορο που βλέπουμε σήμερα στον αρχαιολογικό χώρο της Κνωσού. Το 1450π.Χ. το ανάκτορο υπέστη τεράστια καταστροφή από σεισμό ή από τσουνάμι που προκάλεσε η έκρηξη του ηφαιστείου της Σαντορίνης. Αργότερα, κατέφτασαν στην Κρήτη οι Μηκυναίοι και το 1350 το ανάκτορο ερειπώθηκε. Ωστόσο, η πόλη της Κνωσού συνέχισε την ιστορική πορεία της ως το 500μΧ.
Η Κνωσός εξακολούθησε να είναι η ισχυρότερη πόλη της Κρήτης για αρκετούς αιώνες. Είχε πολλές άλλες ανταγωνίστριες πόλεις, με κυριότερες τη Γόρτυνα (πρωτεύουσα της Κρήτης επί Ρωμαϊκής Εποχής) και τη Λύττο. Το 221-219μΧ η Κνωσός έκανε εκστρατεία κατά της Λύττου, την οποία ισοπέδωσε, καθώς οι άντρες της έλειπαν σε εκστρατεία. Ωστόσο, η Γόρτυνα αύξησε σταδιακά την δύναμη της και η Κνωσός πέρασε σε δεύτερη μοίρα.
Τα νομίσματα της Κνωσού, τα οποία θα δείτε στο Αρχαιολογικό Μουσείο Ηρακλείου, παρίσταναν το Μινώταυρο, το Λαβύρινθο, αρχαίους θεούς, κλπ. Σύμβολο της Κνωσού ήταν ο λάβρυς (διπλός πέλεκυς), αλλά και τα κέρατα του ταύρου τα οποία θα δείτε σε πολλά σημεία της Κνωσού.